Pakistanský prezident Mušaraf sa od začiatku vojny proti terorizmu pohybuje po tenkom ľade. Využíva ju ako zbraň proti politickým nepriateľom, dnes však ohrozuje prežitie jeho vlády. Počas studenej vojny, a najmä po sovietskom vpáde do Afganistanu, bol Pakistan strategickým spojencom USA. V 90. rokoch však vojenská i finančná pomoc klesala a pakistanské jadrové testy, spolu so zvrhnutím vlády a nástupom vojenského Mušarafovho režimu vzťahy s USA definitívne skalili. Po 11. septembri 2001 sa však karta obrátila – v pripravovanom útoku na Taliban sa stal Pakistan strategickým spojencom. Mušaraf sa rýchlo pripojil k protiteroristickej koalícii nielen preto, aby zlepšil vzťahy s Washingtonom. Bola to preňho aj šanca na politické prežitie. Ťaženie proti Talibanu dokázal Mušaraf využiť napríklad na oslabenie vplyvu pakistanskej tajnej služby ISI (ktorá mala s Talibanom dlhodobo tesné vzťahy), či odporcov v armáde. Okrem toho dokázal vďaka nemu dočasne posilniť kontrolu nad regiónom na pakistansko-afganskej hranici, ktorá je tradične pod slabou kontrolou centrálnej vlády. Autorita Islamabádu sa tam opiera o dohody s miestnymi kmeňovými elitami. A nakoniec sa mu podarilo zasiahnuť proti islamistickým politickým hnutiam, ktoré však legitimitu nečerpajú len z náboženstva, ale aj z opozície voči autoritárskej, nereprezentatívnej vláde. Ťaženie proti „militantnému islamu“ však dalo Mušarafovi možnosť zatknúť politických vodcov a zaútočiť na ich ozbrojené zložky. Ten istý boj proti terorizmu však pakistanský vládny režim ohrozuje. Na jednej strane je pod domácim tlakom za to, že sa zapredáva nepriateľom islamu a útočí na vlastných obyvateľov. Keď sa však snaží s domácou opozíciou (náboženskými či regionálnymi skupinami) dohodnúť, stane sa terčom kritiky USA za to, že nerobí dosť v boji proti terorizmu. Tento protichodný tlak sa prejavuje na situácii v pakistansko-afganskom pohraničí. Mnohí bojovníci Talibanu našli po americkej invázii útočisko v pakistanskej Severozápadnej hraničnej provincii a v Severnom a Južnom Waziristane. Pomohlo aj to, že ich s miestnym obyvateľstvom často spájala etnická príbuznosť či dokonca kmeňová lojalita. Situácia došla tak ďaleko, že ústredná vláda nad oblasťou prakticky stratila kontrolu. Z pakistanských základní mohli afganskí bojovníci viesť partizánsky boj proti koaličným vojskám a vláde Hamida Karzaja. Islamabád v roku 2003 upevnil vládu nad oblasťou. Nasledovali ozbrojené zrážky s ozbrojencami, do ktorých sa stále viac zapájali aj miestne kmene – proti vlastnej centrálnej vláde. Konflikt eskaloval a Islamabád ho nebol schopný vojensky vyriešiť, preto sa rozhodol pre opačný krok. V lete 2006 bola podpísaná dohoda, v ktorej sa centrálna vláda zaviazala ukončiť boje a urobila niektoré ústupky (povolila pobyt cudzincov bez toho, aby sa museli registrovať, povolila miestnym kmeňom nosiť ľahké zbrane a pod.) na výmenu za sľub, že z pakistanského územia sa nebude útočiť na koaličné a vládne sily v Afganistane. Dohoda funguje prinajlepšom dočasne. Ústredná vláda opäť prakticky stratila kontrolu nad viacerými oblasťami a je len otázkou času, kedy sa Mušaraf opäť ocitne pod medzinárodným tlakom, aby zabránil útokom z pakistanského územia. Politické prežitie vlády prezidenta Mušarafa dnes značne závisí od ďalšieho vývoja v Afganistane. Veľa dôvodov na nádej nemá. Vláda prezidenta Karzaja je v očiach veľkého množstva Afgancov neefektívna a nelegitímna. Naopak, skupiny hlásiace sa k Talibanu či miestnym vojenským barónom považujú za osloboditeľov od cudzej nadvlády alebo aspoň za menšie zlo.